Eisenberg sinh ra ở Queens, New York, và lớn lên ở đó và ở Trấn East Brunswick New Jersey. Mẹ của anh, Amy (née Fishman), người dạy về nhạy cảm văn hóa trong bệnh viện, trước đó đã làm tên hề ở những bữa tiệc của trẻ em trong 20 năm.[10][11] Cha, Barry Eisenberg, lái taxi, sau này sở hữu và làm việc tại một bệnh viện, và sau này trở thành một giáo sư đại học, dạy xã hội học.[12][13][14] Anh có hai chị em, Hallie Kate Eisenberg, một cựu diễn viên nhí đã từng nổi tiếng là "Cô gái Pepsi" trong một loạt quảng cáo, và Kerri Eisenberg, bây giờ là Kerry Lea,[15] cũng là một nữ diễn viên[16] đã thành lập The Acting Creatively Veg Kids, một đoàn kịch trẻ em "dùng những đam mê cho lòng trắc ẩn để giải trí, giáo dục, và thay đổi cả thế giới" về ăn chay và quyền động vật.

Eisenberg cũng được nuôi lớn lên trong một gia đình Do Thái thế tục[17] bắt nguồn từ Ba Lan và Ukraine.[18][19] Anh đến Trường công cộng East Brunswick ở Frost School, Trường Cấp hai Hammarskjold, và Trường trung học phổ thông Churchill Junior, và học năm thứ hai ở Trường trung học East Brunswick.[20] Eisenberg sau đó được chuyển tới Trường trung học biểu diễn nghệ thuật ở New York. Khi là sinh viên năm cuối, anh nhận được vai diễn để đời trong bộ phim hài kịch-chính kịch tư nhân Roger Dodger.[21]

Eisenberg cố gắng hết sức để hòa nhập ở trường do chứng rối loạn lo âu và dễ nhạy cảm, và đã bắt đầu đóng kịch từ rất sớm. Khi 7 tuổi, anh đóng Oliver Twist trong một vở nhạc kịch của rạp xiếc trẻ em Oliver!", và ở tuổi 12 anh là diễn viên dự bị trong vở kịch tái tạo lại tác phẩm Summer and Smoke của Tennessee William. Ở tuổi 13, anh dự bị cho vai Scrooge Trẻ trong phiên bản nhạc kịch của A Christmas Carol có sự tham gia của Tony Randall.[22] Eisenberg đã có vai diễn chuyên nghiệp đầu tiên trong một vở off-Broadway của Arje Shaw The Gathering vào tuổi 16. Anh nói, "Khi đóng kịch, tôi sẽ cảm thấy thoải mái hơn, vì mình bị ép phải cư xử theo một cách nhất định."[23] Sau khi tốt nghiệp trung học, anh học về nhân chủng học ở The New School ở Greenwich Village, New York. Eisenberg học ngành nghệ thuật tự do, với chuyên môn là dân chủ và đa nguyên văn hóa.[24] Ban đầu, anh đã nộp đơn xin và đã được nhận bởi Đại Học New York, nhưng đã từ bỏ để hoàn thành Roger Dodger.[25][26]

Eisenberg bắt đầu viết kịch bản ở tuổi mười sáu, một vài trong số được cân nhắc bởi các studio lớn, nhưng anh bất mãn vì khả năng điều khiển các tác phẩm của anh khi chúng được bán.[22] Trước khi nổi tiếng, Eisenberg đã gặp rắc rối với các luật sư của Woody Allen. Hồi là thiếu niên, anh viết một vở kịch về làm thế nào Woody Allen thay đổi tên của ông ta và chúng đã đến tay "người" của Allen. Thay vì một con dấu chấp thuận, Eisenberg nhận được hai lá thư "dừng và ngừng".[27] Eisenberg thủ vai trong bộ phim năm 2012 To Rome with Love, cũng như bộ phim của Woody Allen Café Society.[28]